Hagedorn Prisen uddeles som belønning for fremragende videnskabelig indsats inden for et område af dansk intern medicin. Prisen uddeles fortrinsvist til enkeltpersoner indstillet af medicinske selskaber, forskningsgrupper eller enkeltpersoner.

Hagedorn Prisen blev stiftet i forbindelse med Dansk Selskab for Intern Medicins 50 års jubilæum i 1966 med midler fra Nordisk Insulinlaboratorium. Hagedorn Prisen er nu overført til Novo Nordisk Fonden. Hagedorn Prisen udgør 1.500.000 kr., opdelt i 250.000 kr. som en personlig pris og 1.250.000 kr. til  forskning eller udviklingsarbejde.